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本研究对采自重庆嘉陵江的三种粘孢子虫常兴碘泡虫Myxobolus changshingensis、异型碘泡虫Myxobolus dispar、多涅茨尾孢虫Henneguya doneci进行了分子进化研究.利用核糖体小亚基作为分子标记,从遗传距离、变异位点、GC含量、相似度和系统发育树进行分析,对三种粘孢子虫分别进行BLAST比对,从GenBank数据库中挑选序列相似度较高的近缘种进行研究,结果显示:1)常兴碘泡虫Myxobolus changshingensis与徐家汇尾孢虫Henneguya zikawiensis具有最近的GC含量,支序树也显示两个种聚为一支,有较近的亲缘关系;2)碘泡虫属、单极虫属、单尾虫属、尾孢虫属的物种聚支较为混乱,且在进化上呈非单系发生;3)异型碘泡虫Myxobolus dispar和多涅茨尾孢虫Henneguya doneci不同种群单从形态学难以区分;4)GenBank数据库中公布的多涅茨尾孢虫重庆南坪种群分子序列(登录号:EU344899),无论在序列的相似度、遗传距离和变异位点,还是在系统发育树中都表现出与其它种群存在明显差异,在多涅茨尾孢虫六个不同种群变异位点分析中显示,总共47个变异位点,重庆南坪种群有45个变异位点.得出结论:GC含量较为相近的种对于支序树聚支有一定影响;形态数据较为接近且仅从形态学难以区分的类群,序列变异位点分析可以作为一种有效区分手段;对多涅茨尾孢虫重庆南坪种群序列对应的物种鉴定准确性提出质疑,并认为该序列对应的可能是其他的物种.