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泉州湾红树林和盐沼湿地记录了大型底栖动物169种.其中,甲壳动物55种,居优势,占总种数的32.54％;多毛类45种,居第二,占26.63％;软体动物41种,居第三,占24.26％;棘皮动物9种,居第四,占5.33％.常见种有双齿围沙蚕(Perinereis aibuhi tensis)、长吻沙蚕(Glycera chirori)、寡鳃齿吻沙蚕(Nephtys oligobranchia)、可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)、黑口滨螺(Littorina melanostoma)、珠带拟蟹守螺(Cerithidea cingulata)、短拟沼螺(Assiminea brevicula)、鸭嘴蛤(Laternula anatina)、僧帽牡蛎(Saccostrea cucullata)、拟穴青蟹(Scylla paramamosain)(以前称为锯缘青蟹Scylla serrata)、弧边招潮蟹(Uca arcuata)、褶痕相手蟹(Sesarma plicata)等,其中僧帽牡蛎和拟穴青蟹均为当地养殖种类,可口革囊星虫是有名小吃"土笋冻"的原料.由于地处亚热带沿海以及受晋江、洛阳江冲淡水影响,泉州湾红树林湿地的大型底栖动物群落区系,表现为亚热带河口港湾性质.