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由于显微镜暴露在开放流通的室内空气中，物镜与样品之间光路中的水汽含量容易波动，因此，空气中的水蒸气常常会于扰显微红外光谱的测量。尤其是在高湿度地区和测量弱小信号光谱时，水蒸气的干扰可能更加严重。本文提出一种新的方法来消除光谱测量中的水汽干扰，即在样晶单光束谱收集过程中间，根据水汽峰的大小和正负方向，适时向光路中通入需要的气体种类(干燥气体或较湿的气体)来补偿光路中的水汽。通过实时观察，可以发现水汽吸收峰由大到小到消失的过程。