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目的：克隆橘青霉中组蛋白去乙酰化酶基因Rpd3/Hdal，并对其进行敲除、过表达等功能研究，从表观遗传的角度对橘青霉进行分子育种，以期提高其主要代谢产物产量或激活沉默基因。方法：对多个真菌物种的组蛋白去乙酰化酶编码基因进行生物信息学分析，根据其保守序列设计简并引物，克隆其核心片段，采用3’-race技术获得基因的3’序列，随后基于大量生物信息学分析，设计基因5’上游引物，采用TAIL-PCR或套式PCR得到基因的5’序列，再进行基因整个片段的克隆与体外表达、酶活测定，并通过体内高表达、基因敲除等手段，构建分子改良的突变菌株，采用HPLC对突变株的代谢产物谱进行鉴定。结果：成功克隆到橘青霉组蛋白去乙酞化酶基因Rpd3和Hdal的全长DNA与cDNA序列，并对两个基因进行了体外表达和蛋白纯化，构建了两基因的体内过表达载体，筛选得到稳定转化子。结论：后期拟对转化子进行发酵验证，考察其代谢产物谱的变化，并对两个基因进行基因敲除实验，从而破坏组蛋白原有的表观遗传稳态，使沉默基因被激活，以期扩大橘青霉的次生代谢产物谱，达到分子育种的目的，为发现新的具有药学研究价值的先导化合物提供物质基础。