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目的：结合临床特征及治疗结局探讨肺非结核分枝杆菌感染危险因素、耐药菌感染危险因素及死亡等不良结局危险因素。方法：北京协和医院2009年1月至2010年7月分离自呼吸系统标本的分枝杆菌临床背景资料完整并复苏培养成功者共38株。鉴别培养基培养法菌种鉴定，比例法药物敏感性试验检测对一线抗结核药物敏感性，其中对任一种一线抗结核药耐药菌株加行二线抗结核药药敏实验。CTAB法提取菌株DNA扩增IS6110基因和rpoB基因并测序比对进行分子菌种鉴定；对鉴定为MTBC菌株的DNA PCR扩增RFP, INH, EMB, SM耐药相关基因并测序比对检测耐药突变。结果：38株分枝杆菌分离自痰标本16株，支气管吸取物或灌洗液8株，胸腔积液10株，肺组织4株。18株(47. 496)来自非HIV感染免疫抑制患者。6株(15. 896)为NTM。32株MTBC中6株(18. 8%)为耐药菌株，其中9. 4%为单药耐药，6. 3%为多药耐药，3. I%为XDR-TB。死亡发生于结核诊断6月内，有脏器衰竭并发症者则在3月内。死亡组年龄显著大于非死亡组；多出现于胸CT上双肺多发或弥漫病变者；62. 5%结核诊断时有脏器衰竭并发症，特别是呼吸衰竭、感染性休克，极显著高于非死亡组；75. 0%死亡患者为免疫抑制患者，显著高于非死亡组；62. 5%为治疗中断或未抗结核治疗者，极显著高于非死亡组。RFP, INH, SM耐药株检测到的耐药相关基因突变模式为rpoB基因S531L点突变、katG基因S315T点突变、rpsL基因K43R突变，katG R463L点突变在INH敏感株和耐药株检出率无显著性差异。结论：临床上肺分枝杆菌感染患者15. 8%为NTM感染，最常见菌种为脓肿-龟分枝杆菌群和胞内分枝杆菌。NTM感染发热少见，以咳嗽、咯血等慢性肺部疾病症状为主；影像学上团块影多见而胸腔积液少见，团块/结节影多见于男性而支扩表现多见于女性；主要累及肺部而肺外器官同时受累少见。NTM肺部感染危险因素为高龄和结构性肺基础病。非HIV感染免疫抑制患者无特异性临床症状和胸部CT表现，也不是NTM、耐药结核分枝杆菌易感危险因素，但出现脏器衰竭并发症风险升高，死亡率显著升高。其他死亡相关危险因素为高龄、双肺多发/弥漫病变、治疗中断/未治疗。rpoB, katG,rpsL基因突变与RFP, INH, SM耐药表型有较好相关性。