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分析了系统科学的特点：交叉联姻，在横向整体化和纵向一体化中产生的“亦此亦彼”的理论体系。系统科学方法论是建立在一般思维方法论基础上的新的思维理论体系。多媒体课件正是利用多媒体为学习者提供多重刺激，激发学生学习兴趣、提高学习效果。从建构主义的学习方法论和多媒体课件多元表征的脑科学基础分析了多媒体课件中蕴藏的系统科学理论和方法，指出系统科学是现代科学思想的精华，是人类智慧开出的一朵艳丽花朵，将系统科学方法引入多媒体课件开发过程，可为课件开发注入新的活力。