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概述了鱼类栖息地的内涵、研究内容及主要保护措施,分析了国内鱼类栖息地保护在规划、建设、管理、资金与技术投入等方面存在的主要问题,从建设、管理、科学研究和技术应用等方面提出了系列建议,并从目的、原则、程序、理论基础和实践等方面对水利水电开发中鱼类栖息地保护与重建应明确和研究解决的诸多问题进行了探讨和展望.鱼类栖息地保护是鱼类自然资源保护的最有效措施，人们正在尝试从各种途径对栖息地进行保护、生态修复及生态补偿。湿地自然保护区、鱼类自然保护区、水产种质资源保护区的建立是鱼类栖息地保护的有效措施之一在建立保护区的同时，生态调度也成为鱼类生态补偿的重要手段随着对鱼类生境需求的认识越来越深入，适宜生境的人工再造、支流生境保护等方法相继被提出.我国鱼类栖息地保护存在战略规划不足，法规不全、建管分离，责任主体不明，措施不落实、已建栖息地保护区人为干扰污染依然严重等问题。建议各地政府部门要重视本地土著、特有鱼类的栖息地保护工作，要认真落实，避免出现“只拿钱不做事”的情况。正确认识鱼类栖息地保护对河流生态系统和水生生态保护的重要性，重视基础研究，加强多学科间的合作研究。采取综合治理的方式，最大限度地减缓电站对水生生态的影响。要做好跟踪监测，为保护措施实施效果评价提供依据。鱼类栖息地保护设计要因地制宜，就地修复。此外，建议加紧对国土范围内鱼类栖息地保护的规划；加快鱼类栖息地保护与重建的法规体系建设；加大对鱼类栖息地保护与建设的投入；加强对鱼类栖息地保护与重建的基础、应用基础、监测与评价体系研究等；加密栖息地保护的监测频度；加速人才培养与技术培训。