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由菊欧文氏菌玉米致病变种引起的水稻细菌性基腐病是近年来在我国部分省水稻上发生为害较为严重的病害之一。为防止病害进一步扩散和对病原菌的快速、准确鉴定，本文比较评价了实时荧光PCR检测的灵敏度和可靠性。根据分离得到的水稻细菌性基腐病菌株E1, E2, E3的16S-23S核糖体DNA ITS区域的特异区间，设计了一对特异性扩增水稻细菌性基腐病病菌的引物X1和X2，扩增的目的片段为250bp，经用其他属的细菌以及和水稻细菌性基腐病菌亲缘相近的属的细菌进行特异性测试，同时分别以基因组DNA和菌液为模板用常规PCR和实时荧光PCR的方法，进行了特异性引物的灵敏度测定。结果表明，仅水稻细菌性基腐病菌基因组DNA能特异性扩增出约250bg的目标片段，引物检测的灵敏度常规PCR以DNA为模板的最低值为5×10-2ng/μl，以菌液为模板的最低值104cfu/ml，而实时荧光PCR能检测出的最低值分别为5×10-4ng/gl和104cfu/ml，实时荧光PCR其灵敏度比常规PCR高100。人工接种的水稻显症后，提取基因组DNA，用特异性引物进行常规PCR和实时荧光PCR扩增，模拟土壤和种子带菌，用特异性引物进行常规PCR和实时荧光PCR扩增。结果发现，人工接种的水稻能够扩增出目的片段，健康的水稻未扩增出目的片段，带菌的种子和土壤能扩增出目的片段，不带菌的种子和土壤未扩增出目的片段，实时荧光PCR与常规PCR比较灵敏度高、快速且检测过程中没有污染。对扩增产物进行序列测定，结果显示扩增得到的片段是分离得到的水稻细菌性基腐病菌的部分序列，与已报道的菊欧文氏菌玉米致病变种的同源性为99％。本研究结果对水稻细菌性基腐病菌的快速鉴定及病害预测预报具有明显的实际应用价值。