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随着人类基因组计划的实施和推进，生命科学研究已进入了后基因组时代。在这个时代，生命科学的主要研究对象是功能基因组学，包括结构基因组研究和蛋白质组研究等。风湿性疾病是泛指影响骨、关节、肌肉及关节周围软组织(肌腱、韧带、筋膜等)，以发热、关节疼痛和晨僵、慢性进程、关节畸形及破坏为特征的结缔组织疾病，是因遗传、激素、环境因素、社会等多因素相互作用下机体免疫功能紊乱而引起的慢性炎症性疾病。由于该类疾病的发病机制复杂，目前诊断和分型仍基于实验室检查结合临床症状表现为依据。蛋白质组学是研究细胞内所有蛋白质的一门学科，为寻找疾病特异标志物，揭示疾病的发病机制和治疗等提供新的研究手段。蛋白质组学也成为研究风湿性疾病的有力工具。本文介绍了蛋白质组学概念与技术内容，简述了蛋白质组学在风湿性疾病研究中的应用，指出风湿性疾病病因复杂，影响因素众多，缺乏快速准确的诊断方法和有效的治疗手段。蛋白质组学技术日益广泛的应用为深入了解疾病的病理生理状态、揭示致病机理、发现新的诊断标记物、寻找新的治疗靶蛋白等提供了一个新的途径。