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湖泊和湿地正受到来自严重污染的工业废水、城市和农业污水的威胁.这些问题在新兴国家尤为突出.这使基本生态系统的功能和服务减少或降低,例如生物多样性、水质净化、气候调节、娱乐等.在中国,几个湖泊面临着这些威胁,如:太湖、巢湖、滇池、鄱阳湖、洞庭湖和乌梁素海.快速的富营养化使得水生植物大量生长，例如香蒲和常见芦苇，一方面，因为降解过程和过量有机沉积物造成的厌氧环境给湖泊带来威胁。另一方面，富营养化也提供了利用湿地净化棘手的非点源污染水体的机会，同时增加了当地居民通过收割带来的收入，必须记住，湖泊修复众多方法中，通过收割植物去除营养盐仅仅是其中一种。在湿地中，这个过程非常复杂并且不能说收割水生植物就一定能提高水质，但是可以肯定它能减少浮游植物可利用的营养盐。修复的执行者应该考虑这些，同时很好的监控他们的修复过程。综上所述就是不要将湿地仅仅看做“荒地”，它同时也是许多生态服务的提供者。这些服务中的一部分就是废水处理和提供有价值的原材料。