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以传统公平理论和财政预算理论为指导的财政转移支付制度无法充分满足生态资源环境管理要求。本文以生态预算理论和经济发展权利公平理论为指导，对生态财政转移支付制度的理论基础进行了规范分析，论证了从财政转移支付制度中独立出来的生态财政转移支付制度的本质、结构及其与主体功能区的关系。生态财政转移支付制度是以纵向转移支付和横向转移支付相结合为特点的一种制度安排，能推进主体功能区战略目标的实现。在现阶段为保障生态财政转移支付制度的顺利实施，应该尽快打通主体功能区生态财政转移支付资金的双轨通道。