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2011年10月-2012年9月对泉州湾湿地自然保护区鸟类多样性进行调查，综合历史资料和本次调查记录，结果表明：泉州湾湿地自然保护区鸟类有13目35科170种，其中《中日候鸟保护协定》有75种，《中澳候鸟保护协定》有44种，国家二级保护鸟类19种，福建省重点保护鸟类21种.根据居留状况分析，冬候鸟72种，占42.35％；留鸟54种，占31.76％；旅鸟27种，占15.88％；夏候鸟17种，占10％.区系从属情况为：古北界鸟类97种，占57.06％；东洋界鸟类69种，占40.59％；广布界鸟类4种，占2.35％.分析了泉州湾湿地自然保护区鸟类保护存在的问题，并提出了保护建议.