【摘 要】
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RNA二级结构预测对于研究RNA的功能具有重要意义.假结是RNA二级结构中的一种常见结构,它决定很多重要的生物功能,对带假结的RNA二级结构进行预测是生物信息学重要的研究方向
【机 构】
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国防科技大学计算机学院长沙410073
【出 处】
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第十四届计算机工程与工艺会议(NCCET'10)
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RNA二级结构预测对于研究RNA的功能具有重要意义.假结是RNA二级结构中的一种常见结构,它决定很多重要的生物功能,对带假结的RNA二级结构进行预测是生物信息学重要的研究方向之一.PKNOTS是目前该领域较权威和典型的程序之一,但受限于O(LP6P)计算复杂度,软件预测方法不能完全满足日常研究的需要.本文基于FPGA平台实现了一种细粒度的带假结的RNA二级结构预测算法加速器,采用数据驱动的流水线并行策略实现了多个处理过程的并行执行;采用数据重用策略,减少了片外访存开销;采用参数表压缩策略,减少了片内存储开销.在单片FPGA上的实验结果表明,与运行在AMD四核9650处理器上的PKNOTS-1.05程序相比,可获得超过5倍以上的加速比.
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