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基因组光学图谱是利用光学成像方法，不依赖于测序技术、快速生成全基因组限制性内切酶酶切位点图谱的新技术。光学图谱技术操作流程直观、高效，提供了从菌株或混合样品中了解细菌、酵母或真菌基因组结构的方法。国内外的研究人员在不需扩增、PCR反应、构建克隆或末端配对文库、纯化培养或特异性基因组纯化试剂等前提下，己利用基因组光学图谱技术对微生物基因组的结构、功能、多样性以及遗传学特性等进行众多的研究。在光学图谱分析软件的辅助下，研究人员可利用基因组光学图谱进行如下应用：通过与参照菌株基因组光学图谱的比对可进行菌株鉴定；通过对基因组光学图谱的比对快速揭示基因组间的相似和差异性；通过基因组光学图谱的比对找出基因组上的插入、缺失、遗传修饰和致病基因岛等移动元原件；通过对基因组光学图谱的比对，鉴定、找到染色体上inversion. translocation等测序方法不易鉴别的结构变化；还可将微生物测序数据以基因组光学图谱为参照，进行快速、准确的排序，完成全基因组测序结果的拼接以及对以往基因组测序结果进行完善和验证；现今，通过大基因组软件基因组光学图谱也可用来辅助高等动植物等大基因组的高通量测序结果拼接及验证。