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家蚕茧质性状的性别效应十分明显，对普通方法的QTL分析结果产生较大的影响，本研究比较了不同定位模型的QTL分析结果。采用不包含性别（环境）效应的定位模型分析各性状的QTL 效应及其预测的优良纯系的基因型，则会产生因性别效应的存在而影响互作效应QTL的检出；如果采用把性别作为环境效应的定位模型分析各性状的QTL，性别效应调整与否，对互作效应QTL的分析及对QTL重组后预期能得到的优良基因型影响都不大。因此采用把性别作为环境效应的定位模型分析家蚕全茧量等性状的QTL时，无需对各性状作性别调整处理就可获得相应的结果。那么性别效应对QTL分析的干扰，是否与性染色体的相关基因位点有关，或者QTL表达是否因性别而异等更深层次的原因，尚有待深入研究。