【摘 要】
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藏猪主要分布于中国西藏自治区的山南、昌都地区和拉萨市,四川省的阿坝和甘孜藏族自治州,云南省的迪庆和甘肃省的甘南藏族自治州等平均海拔达3000米以上的高海拔地区,能够很好的适应低氧、低温、强紫外线等恶劣环境.本实验采用35对引物,利用常规Sanger测序技术对6个不同地区藏猪及4个四川地方猪种的线粒体基因组进行了测序和拼接.同时,结合数据库中14个代表性猪种的线粒体DNA序列进行系统发育分析,发现藏
【机 构】
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四川农业大学动物科技学院,四川雅安625014 北京诺和致源生物信息科技有限公司,北京100083
【出 处】
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四川省畜牧兽医学会2014学术年会
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藏猪主要分布于中国西藏自治区的山南、昌都地区和拉萨市,四川省的阿坝和甘孜藏族自治州,云南省的迪庆和甘肃省的甘南藏族自治州等平均海拔达3000米以上的高海拔地区,能够很好的适应低氧、低温、强紫外线等恶劣环境.本实验采用35对引物,利用常规Sanger测序技术对6个不同地区藏猪及4个四川地方猪种的线粒体基因组进行了测序和拼接.同时,结合数据库中14个代表性猪种的线粒体DNA序列进行系统发育分析,发现藏猪与四川地方猪种亲缘关系较近.采用sliding windows的方法比较了藏猪与四川地方猪种线粒体基因组不同区段的核苷酸多样性,发现在线粒体DNA多达76.9％的区域中,藏猪的核苷酸多样性显著高于四川地方猪种,充分反映了家猪受到强烈的人工选择,而藏猪由于极少受到人工选择而保持了较高的线粒体DNA多样性.相反的,发现16s核糖体RNA在藏猪中呈现多样性低的现象,通过对藏猪线粒体该区段的RNA二级结构进行预测,发现藏猪特有的16s核糖体RNA更加稳定,表明藏猪的16s核糖体RNA可能受到了正向选择.线粒体上的蛋白编码基因参与大量能量代谢过程,进一步对线粒体基因组上13个蛋白编码基因的碱基替换进行分析,发现ATP6基因在藏猪中呈现较高的核苷酸非同义突变率,暗示了ATP6基因在进化过程中受到了适应性选择,可能在藏猪的高海拔适应性中起着重要作用.本研究通过比较分析藏猪与平原猪种的线粒体基因组,揭示了自然选择和人工选择作用于线粒体DNA的不同痕迹.
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