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二十世纪八、九十年代，由于化学药物研发，需要从大量的化合物中寻找有某种生活活性的化合物，药物公司采用组合化学的方法，快速在指定骨架上合成大量化合物.为了管理大量的化合物信息，一些管理化合物信息的方法逐步被应用和完善，进而形成了早期的化学信息学，并主要应用于药物设计领域.2003年，以色列化学家Arnon Shani发表了一篇题为“化学无处不在”的文章[1]；2013年，徐光宪先生在中国科学报上发表题为“第六次科技革命的内涵”的文章[2].两者都明确阐述了化学的本质、应用领域和作用：除了数学，其它领域的很多问题的实质均与化学相关.随着化学信息学方法和技术的不断发展和完善，化学信息学定义也得不断的优化，其中“应用信息学技术解决化学问题”[3]，其普适性更好，同时也明确了它可应用的范畴：与化学相关的领域.它主要有三种方法：基于数据、基于逻辑和基于原理，这三种方法相辅相成.在此，我们将通过化学信息学在农药创制、环境保护和中药研究中的应用实例，阐述化学信息学的应用策略.