【摘 要】
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阐明基因表达调控网络的分子机理成为了近年来分子生物学研究的主要领域之一,表达序列标签(expressed sequence tags,EST)分析获得的基因表达信息真实反映了细胞内基因活
【机 构】
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佛山科学技术学院食品与园艺学院园艺系,广东佛山,528231
【出 处】
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广东省遗传学会第九届代表大会暨学术研讨会
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阐明基因表达调控网络的分子机理成为了近年来分子生物学研究的主要领域之一,表达序列标签(expressed sequence tags,EST)分析获得的基因表达信息真实反映了细胞内基因活动的情况,包括基因的组织特异表达情况.EST生物信息学分析包括转录组、重叠群拼接,基因注释,SSR多态性,调控网络,ORF确定,选择性剪接,microRNA及非编码RNA分析,RNA编辑,SNPs,GO注释等.本文利用FreeBSD系统工具分析NCBI获得的水稻EST序列进行大规模分析,包括blast比对,重叠群拼接,基因注释,组织特异表达等分析,为进一步构建水稻生长发育基因表达调控网络奠定基础.从NCBI的GenBank数据库下载的水稻EST序列截至2014年2月多达119万条,其中粳稻为98.7万条,籼稻为20.4万条.本文报道首先对水稻EST进行blast比对分析,将打分达到100分以上的比对序列id号合并一起,得到54万条比对的id组,在将其按照序号排序后将第一个序号相同的行合并得到7.6万条id行,再一次排序合并则返回了3.9万条id行.将id行的序列进行Phrap拼接分析,获得序列重叠群并利用获得的重叠群再次进行了blast比对分析,分值大于250的合并得到共34969个,其中只有一个重叠序列的为27556个,7413个含两个或以上的重叠群(两个以上的有2032个).从前面的比对及重叠群分析结果我们可以初步推断水稻的基因数目约在3万多个.接着进行了重叠群序列与NCBI核酸数据库比对,返回了各个重叠群序列的功能注释,共211351多条比对结果,去除载体、基因组克隆、RNA克隆等未注释结果后得到约10万条注释含有具体内容的功能注释.对照不同组织的EST序列与比对及拼接结果,我们将进一步对各个组织的表达重叠群进行分析,以了解组织特异表达情况.所有分析工作是在FreeBSD平台完成的,通过系统的内嵌文本过滤命令使得很多大规模的自动化blast/phrap等分析也能够很快完成.本文结果无疑将对水稻生长发育过程基因表达调控的网络构建提供重要的工作基础,也将为水稻分子育种中了解基因互作等提供必要的参考.
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