扩展自适应偏置力方法在PLUMED中的实现

• 作 者: 陈淏川 邵学广 蔡文生
• 机 构: 南开大学化学学院,分析科学研究中心,天津市卫津路94号,300071
• 出 处: 中国化学会第14 届全国计算(机)化学学术会议暨分子模拟国际论坛
• 发表日期: 2017年10期
• 关键词: 自由能计算 重要性采样 自适应偏置力方法 eABF PLUMED

　　扩展自适应偏置力(extended adaptive biasing force,简称eABF)[1,2]方法是一种重要性采样与自由能计算方法,它利用扩展拉格朗日动力学改进了自适应偏置力(adaptive biasing force,简称ABF)[3]方法,解决了原来ABF方法中反应坐标耦合与计算二阶导数的问题,减少了反应坐标的使用限制并加快了计算收敛速度,有一定的应用潜力,但至今该方法只通过Colvars[4]模块在NAMD[5]和LAMMPS[6]中实现。