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突发公共卫生事件是指突然发生、造成或者可能造成社会公众健康严重损害的重大传染病疫情、群体性不明原凶疾病、重大食物和职业中毒以及其他严重影响公众健康的事件。近年来我国发生了一些典型的突发公共卫生事件。而部队实时受到疫情的威胁。部队在应对突发公共卫生事件实施防疫管控措施的过程中，暴露出来机制不健全、反应不快、效率不高、效果不好和后勤保障不力等突出问题。本文对部队突发公共卫生事件的防疫管控措施进行了总结探讨，并提出了相关建议。