【摘 要】
：
化学过程和生命现象大都在溶剂中进行,对它们进行分子模拟研究的时候,模拟体系里往往有大量的溶剂分子(一般为水分子)。所以,对这些水分子开发合适的、准确快速的模型,对
【机 构】
：
华南理工大学 化学化工学院,广东省广州市天河区五山路381号,510640
论文部分内容阅读
化学过程和生命现象大都在溶剂中进行,对它们进行分子模拟研究的时候,模拟体系里往往有大量的溶剂分子(一般为水分子)。所以,对这些水分子开发合适的、准确快速的模型,对分子模拟、药物设计等诸多研究领域的发展都有重要意义。我们基于SEA(Semi-Explicit Assembly)这一研究思路,认为溶质的溶剂化自由能是溶质分子表面上溶剂化能量场的加和函数。我们通过一系列电荷、LJσ、ε参数各不相同的LJ球体在显式溶剂TIP3P中的模拟数据,提取出分子表面和分子性质,以及分子表面溶剂化能量场和分子表面性质的函数关系。根据这两个函数关系,可以得到任意分子的溶剂化自由能(极性部分和非极性部分分开计算)。我们用这个溶剂模型计算了原子数从1到约50,电荷从-2到+2的大量不同种类溶质分子的溶剂化能量,取得了满意的结果：计算精度和TIP3P模型相当,速度却和GB(Generalized Born)模型相当。该溶剂模型进一步用于更加复杂的分子(SAMPL4)以及更加复杂的电解质溶液体系,也都取得了满意的结果。
其他文献
生物通路(pathway)可视为执行特定生物功能的最小的生物系统.在基于生物通路的网络模型中，网络中的节点代表蛋白、核酸和小分子等，它们之间的边代表在细胞内或细胞间的相互
“五星红旗什么样？多想看看……”这是50年前的10月1日，五星红旗在天安门广场升起的时候，一位尚在战场上的小战士的心愿。然而，就在战斗接近尾声时，他被敌人的冷枪击中，献出了年轻
在药物分子与血清白蛋白相互作用研究中，研究者经常遇到药物分子与血清白蛋白光谱重叠严重的情况，这对普通光谱法在相互作用体系中的应用提出了新的挑战。本文提出将激发发
药物诱导肝损伤(DILI)是造成急性肝损伤和未识别轻微肝脏病变的主要原因,肝衰竭病例中大约一半的病例是由其造成的.[1]另外,DILI也是造成上市药物提前退市的主要原因之一
2011年12月28日,教育部下发了“关于印发义务教育语文等学科课程标准(2011年版)的通知”(教基二[2011]9号),通知要求各地要把修订后的课程标准的学习培训活动作为深入推进课
单壁碳纳米管通常可以看作是完美的石墨烯卷曲而形成的。然而，在实际应用中碳纳米管微观结构上的缺陷是广泛存在的。我们用分子动力学计算方法来研究了单壁碳纳米管在拉伸
初中学段英语阅读课教程落实中,以英语学科核心素养培养为方向的教学实施策略,为学生英语综合水平的提高奠定了坚实的基础.在现实环节的应用实施中,以学科核心素养培养背景为
昆虫线粒体基因组具有基因组短、基因排列相对稳定、进化速率快、普遍为母系遗传的特征，目前已成为研究物种进化和系统发育的重要分子标记。随着系统发育分析方法的日益成熟多
变量筛选在光谱的定量分析中占有重要地位,然而传统变量筛选方法大都为线性算法,且往往只在线性空间范围内考虑样本变量对模型的影响,而忽略非线性空间及其样本集自身性
Rho激酶是一个重要的药物设计的靶点。采用了虚拟筛选并结合分子生物学实验，我们成功发现12个ROCK的小分子抑制剂，其中一个化合物在斑马鱼模型中能有效地预防以及治疗脑出