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本文从资金配置、内部治理视角捕捉银行效率的影响因素。文中主要以17家主要商业银行为研究对象，以2005至2010跨期6年的数据为样本，考虑了贷款质量,建立了银行替代利润函数模型，通过随机前沿分析法（SFA）评估了银行的利润效率，并研究了效率的影响因子，结果表明：中国大型商业银行的利润效率小幅度低于股份制银行，且效率达到最优的速度慢于股份制银行；不良贷款的确抑制着银行利润效率的改善，而这种抑制作用很小；代理成本与银行利润效率呈倒“U”关系，且不同所有制银行可适当增加良性代理成本的支出，可有效改善银行效率；银行负债权益比的提高对利润效率具有显著的抑制作用，支撑了低负债可以提高效率的论点；银行存在代理成本和资本结构互动的内在机制使得银行利润效率显著提高。最后，本文提出一些政策建议。