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本课题组选择了钱塘江河流生态系统、椒江河口生态系统、和东海近岸生态系统，采用常规测序及高能量测序手段、16S rRNA和功能基因克隆文库构建、实时定量PCR技术，结合DOTUR和CANOCO生物统计软件对不同生态系统中氮循环关键环节的微生物菌群进行种群多样性、种群数量、种群分布及其主要环境影响因子进行了研究。研究结果探明了钱塘江底泥中从上游到下游7个采样点、椒江河口潮间带和潮下带7个采样带、东海近岸8个采样点中anammox菌和n-damo菌的种群多样性、种群数量以及种群分步的情况，并通过RDA和PCA分析探明了影响这两大类菌的种群多样性、种群数量和种群分布的主要环境影响因子。