【摘 要】
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随着高通量测序技术的发展,越来越多的长链非编码RNA(lncRNA)被鉴定出来。在以前的一项研究中,我们在猪的基因组中鉴定了4515个lincRNA基因(6621个lincRNA转录本)。为了
【机 构】
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中国科学院昆明动物研究所,遗传资源与进化国家重点实验室,昆明650223;中国科学技术大学,生命科学学院,合肥230000西安理工大学,计算机科学与工程学院,西安710048云南大学,云南省生物资源保
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随着高通量测序技术的发展,越来越多的长链非编码RNA(lncRNA)被鉴定出来。在以前的一项研究中,我们在猪的基因组中鉴定了4515个lincRNA基因(6621个lincRNA转录本)。为了研究lincRNA在猪的脂肪和肌肉组织的甲基化模式,我们重新分析了已发表的藏猪、长白猪和荣昌猪的脂肪和肌肉的甲基化测序(MeDIP-Seq)数据。我们发现lincRNA基因的甲基化水平高于蛋白编码基因的甲基化水平,在启动子、外显子和内含子区域也有相同的趋势。在转录起始位点区域(TSS),lincRNA基因和蛋白编码基因也有不同甲基化模式。此外,我们发现一些lincRNA基因和差异甲基化区域(DMR)重叠,这些DMR是在不同脂肪沉积能力、不同性别和不同组织解剖部位的群体中鉴定的。其中,linc-sscg3623基因在长白猪和荣昌猪的脂肪组织中表现为差异甲基化,这说明linc-sscg3623可能和脂肪沉积有关。为了进一步证明linc-sscg3623基因和脂肪沉积过程有关,我们收集了5个不同发育时期(60,120,150,180和210天)的民猪和大白猪背膘组织进行焦磷酸测序,发现民猪和大白猪中lncRNA表现为不同的甲基化模式。此研究将有助于对家养动物驯化的理解并为研究脂肪沉积和肌肉发育提供候选lncRNA基因。
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