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代谢组学是继基因组学、转录组学、蛋白质组学后发展起来的一门新学科，从提出到现在已经有十多年的时间，且发展迅速，广泛应用于药物开发、疾病、微生物和植物等生命科学各个领域的研究，被认为是系统生物学研究的一个重要组成部分，它可以从整体上反映生物体的功能水平，进而揭示疾病发生发展过程中生物体内的一系列生理生化变化情况，在本文中我们对代谢组学的产生、代谢组的检测手段，以及它在微生物研究领域中的应用进行了介绍，目的是帮助人们更深地了解微生物生态体系中各种复杂的相互作用，微生物对环境和基因变化的响应，为人类健康提供更多的基础信息。