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组蛋白H1和高迁移率蛋白HMGB参与了染色质的重塑,它们均可以在核小体的进出位点结合linker DNA,进而调节细胞的转录活性,在维持染色质高级结构以及基因组的稳定性等方面起着重要的作用.嗜热四膜虫高迁移率族蛋白Hmgb3(HMGB3,High Mobility Group box-1 protein)和连接组蛋白Mlh1(Micronuclear Linker Histone)的N端含有HMG-box结构域,Hmgb3和Mlh1氨基酸序列相似,均不含半胱氨酸,N端的HMG-box一致性达38％,Microarray data数据表明不同发育阶段两个基因表达图谱相似.免疫荧光定位分析表明Hmgb3和Mlh1是小核特异的结构蛋白.敲除嗜热四膜虫HMGB3(TTHERM 00155590)基因,突变体没有明显的细胞学表型;敲除MLH1(TTHERM 00471820),突变体细胞同样没有发现明显的表型变化.为了分析MLH1和HMGB3是否存在功能上的补偿作用,实时荧光定量PCR分析MLH1突变细胞株的HMGB3的基因表达水平,HMGB3表达上调.为了进一步探究MLH1和HMGB3之间的关系,我们构建了MLH1和HMGB3的双敲除细胞株,结果发现双敲除突变体进行正常的无性生殖,然而不能进行正常的有性生殖,产生无小核突变体细胞株.结果表明,嗜热四膜虫体HMGB3和MLH1是小核特异的结构蛋白,在功能上存在相互的补偿作用.