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过去的15年中，超过1500例患者接受造血干细胞移植，大部分为自体移植，为了治疗重度自身免疫性疾病(AD)，大约有1000例在EBMT和EULAR登记，一项纳入900例患者的回顾性研究表明，大部分患者为多发性硬化(MS,n=345)，系统性硬化(SSc；n=175)，系统性红斑狼疮(SLE；n=85)，类风湿性关节炎(RA；n=89)，幼年类风湿性关节炎(JIA；n=65)，特发性血小板减少性紫癜(ITP；n=37)，5年总生存为85％，无进展生存为43％，100天移植相关死亡率在1％(RA)-11％(SLE和JIA)。所有疾病亚组的完全反应率约为30％，即使完全免疫重建仍持久有效。大部分患者，比如SSc患者，出现形态学改善：皮肤胶原的减少和微血管的正常。高的移植相关死亡率在一定程度上可能由于预处理强度、合并症和年龄，只有等到三项随机研究的结果出来，才可以有基于证据的预处理方案的调整。近年来，间充质干细胞在多种AD中进行试验，利用其免疫调节特性以及表面低的急性毒性。尽管1/2临床试验的结果令人鼓舞，但是没有来自同行评议文献的随机、前瞻研究的阳性结果。