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对祁连山生态环境的调研结果显示：(1)涵养水源植被减少，生态逆向演替，森林功能弱化;(2)荒漠化明显，草场退化，载畜能力下降;(3)出山径流量祁连山东段减少，中西段略有增加趋势：(4)气候变暧，生物多样性受损;(5)冰川明显萎缩，雪线逐年上升;(6)水土流失严重，林草地质量下降。为保护祁连山生态环境，提出了整体将祁连山生态保护与建设作为一个国家生态工程项目，实施祁连山移民搬迁和产业结构调整；组织我省林业、农牧、水利、国土、气象和环保六部门共同研究综合治理祁连山生态保护、恢复发展及建设问题；全面落实森林、草原生态效益补偿费，保障保护区管理事业经费，解决牧民生计问题，保护好祁连山的生态环境；着力解决祁连山保护局的管理机制问题的对策措施。