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SSRF增强器及高低能输运线上层物理应用软件使用MATLAB语言编写，软件的开发工作是建立在已有的加速器物理函数工具包AT(AcceleratorToolbox)及MCA(MATLABCharmelAccesstoolbox)基础之上的。本文详细介绍了基于这两个软件包的SSRF增强器及输运线上层应用软件设计，包括软件使用过程中所涉及数据的准备、处理方法，以及诸如twiss参数匹配、轨道校正、tune测量等物理功能的实现.经过离线模拟、仿真在线测试，以及SSRF增强器调束期间使用结果表明，该软件所有功能均运行正常且满足SSRF增强器调束及运行基本需求，软件通过EPICS与真实电源之间数据读写准确，计算结果与SSRF增强器及输运线各参数相符。