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母乳中庞大的微生物群落对婴儿成长和发育具有重要的潜在益生作用.本实验征集60名志愿者产妇提供初乳和成熟乳各30份样品.采用宏基因组测序和荧光定量PCR 技术对试验样品中的微生物群落结构进行研究，通过生物信息学分析得出，在分类学门的水平上，母乳微生物主要隶属于变形菌门(Proteobacteria)、硬壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria) 和拟杆菌门(Bacteroidetes)，含量约占序列总数的99.55％.在分类学属的水平上，初乳和成熟乳两种不同类型的母乳核心菌群包括克雷伯氏菌属(Klebsiella)、罗尔斯通菌属(Ralstonia)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、水栖菌属(Enhydrobacter)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、沙雷氏菌属(Serratia)、肠杆菌属(Enterobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链球菌属(Streptococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)和不动杆菌属(Acinetobacter).基于相关系数分析结果显示含量最高的不动杆菌属(Acinetobacter)和其它菌属之间呈现较明显的负相关，而金黄杆菌属(Chryseobacterium)和茎菌属(Caulobacter)与大部分菌属呈现出正相关.微生物群落α 和β 多样性差异分析结果显示初乳和成熟乳两种不同类型的母乳中的微生物多样性存在显著差异.进一步对样品中6个母乳常见菌属进行定量，结果显示肠杆菌属(Enterobacter)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)和葡萄球菌属(Staphylococcus)在初乳和成熟乳样品的含量存在显著差异，假单胞菌属(Pseudomonas)、链球菌属(Streptococcus)和乳杆菌属(Lactobacillus)在两种类型母乳样品中也存在一定的差异，但差异不显著.