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禽流感是由A型流感病毒引起的一种禽类的感染和疾病综合征。A型流感病毒为分节段的单股RNA病毒，自然宿主种类众多，尤其在跨越自然宿主种类感染或不同病毒感染同一动物个体的情况下，极易发生抗原漂移(基因突变)或抗原转变(基因重排或基因重组)。本研究在云南边境地区重点地域采集境外流动家禽样品，经A型和H5/N1,H9/N2亚型RT-PCR或多重RT-PCR检测，选择时间、地点、宿主有差异的代表性阳性样品，进行病毒全基因组测序、序列比对、系统发育、基因变异、进化时序、正选择位点分析。认识了云南边境H5N1亚型三间分布现状、流行动态、感染特点和波动规律，分析了禽流感与免疫抑制病二重或多重混合感染状况，阐明了病毒基因分子结构特征和遗传进化关系，揭示了病原生物多样性、区域分布规律、变异特点、分子进化时序、正选择进化位点及进化趋势。