近红外光谱法测定D16S539基因座的三个基因型

来源 :全国第二届近红外光谱学术会议 | 被引量 : 0次 | 上传用户:a242269752
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  利用近红外光谱(NIRS)结合支持向量机(SVM)模式识别原理建立了短串联重复序列(STR)的分型方法。以D16S539基因座的9—9、9-11和11-11三种不同基因型为例,研究了包含该多态性位点的DNA片段的PCR扩增条什和NIRS检测条件,建立了标准化扩增条件和检测条件,以此条件获得了基因分型的标准物及其标准NIRS。以标准光谱为识别变量,建立该3类基因型的SVM判别模型,有效地克服了光谱共线性,并对少样本数表现出良好的稳定性,模型预测率100%、回归平方相关系数1.00、回归均方差为0。该方法不需任何检测前处理,而只需一步PCR扩增和NIRS检测即可实现STR分型,具有简单、快速、低成本等优点。
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