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石缸河锡矿床产于志本山花岗岩体内外接触带的节理裂隙和层间破碎带中，成矿最有利的构造部位是产状平缓的北西向层间断裂和层间破碎带或褶曲转折部位。矿区具有多期成矿特点，同一矿体、同一剖面上，可见到多种矿石类型(云英岩型锡矿石、石英-锡石矿石、石英-电气石型锡钨矿矿石、电气石锡钨矿石)并存的现象。矿床的主元素为锡、钨，并伴生敏，控矿因素主要为寒武系上统核桃坪组地层、加里东晚期花岗岩及层间构造和断裂构造，核心桃坪组地层是重要的成矿物质来源。