二倍体鲫鱼转录组454测序

来源 :2011年中国水产学会学术年会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ssdkln
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  鲫鱼(Carassius auratus)广泛分布于欧亚大陆,自然界普遍存在二倍体普通鲫鱼和三倍体银鲫,是开展各种遗传学和基因组学研究的优良材料。我们利用罗氏454高通量测序仪开展了二倍体鲫鱼转录组测序。鲫鱼样品采自中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,经流式细胞仪测定DNA含量,并与彩鲫比较,确定为二倍体鲫鱼。为了获得尽可能多的与生长、免疫相关的基因,取样组织为脑、肌肉、肾和肝脏。同时,为了获得SNP位点,每个组织样品含有6尾鲫鱼的相应组织。
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淇河鲫(Carassius auratus in Qihe River)产于河南淇河,是天然三倍体雌核发育鲫鱼.用细胞色素b(Cytb)基因特异性引物,对淇河鲫和另外8种野生鲫鱼群体的线粒体Cytb基因进行PCR扩增和双向测序.9种鲫鱼群体均得到序列一致的Cytb基因全序列,长度约为1140bp.除九鲤湖鲫和大塘港鲫外,淇河鲫与另6群体鲫鱼的Cytb基因序列几乎没有发生变异.淇河鲫A+T的含量(5