【摘 要】
：
为了减少识别癌症基因中单核苷酸位点变异(SNV)的时间,华大基因研究院联合国防科技大学计算机学院计划把自行研发的SNV识别软件PDXsnv移植到广州超算中心天河先导系统和天河
【机 构】
：
国防科技大学 计算机学院 长沙 410073
论文部分内容阅读
为了减少识别癌症基因中单核苷酸位点变异(SNV)的时间,华大基因研究院联合国防科技大学计算机学院计划把自行研发的SNV识别软件PDXsnv移植到广州超算中心天河先导系统和天河二号上,并进行性能分析和程序优化加速.测试和分析表明,PDXsnv软件的主要运行瓶颈是pileup算法中的I/O操作,针对该问题,对pileup算法进行了实验测试和算法分析,发现原pileup算法采用顺序读取方式读入BAM文件的数据,导致读入特定位置的数据的时间较长,尤其是采用多线程并行方式进行数据读取时性能较差、可扩展性不强.因此设计并实现了新的多线程并行I/O读取算法,新的pileup算法采用了基于索引的多线程并行读取方法,使用该方法,多个线程可以根据索引快速、并行地读入特定位置的数据.在天河二号等集群上的实验表明,新的pileup并行算法在进行多线程I/O读取操作时获得了较高的性能,算法处理时间缩短到3.9秒,实际应用程序在运行时获得了100倍以上的加速比,同时算法还具有较好的可扩展性.
其他文献
青年女高音歌唱家、总政歌剧团演员黄华丽在哈尔滨举行的’96全国声乐比赛中,摘取了民族唱法组一等奖第一名的桂冠,成为众人瞩目的人物。这次声乐比赛是我国建国以来举办的
本文在改进的线积分卷积算法的基础上,从人的视觉感知角度出发,建立了模拟用户视觉感知过程的视觉感知系统数学模型,从可视化的结果中重构出与原流场数据分辨率相同的中间场
推出统一指数,是中国证券市场发展的一件大事,对未来市场发展将具有持续和深远的意义。 一、有利于机构投资者发展壮大,改善市场投资主体结构 尽管上证指数等现有股票指数已
WCNS格式是中国自主发展的计算流体力学高阶精度格式,已在科学研究和工程中获得较多应用.该格式中的半节点重构计算是高精度CFD计算的性能热点.以5阶显式WCNS格式(WCNS-E-5)
多层Web应用性能分析是实现资源动态分配和管理,保证多层Web应用性能的重要因素之一.传统的多层Web应用性能分析模型往往假设服务器部署在无性能互扰的服务器环境中且忽略了
SURF算法是一种用于特征提取的有效算法,在经典特征提取SIFT算法上改进提出,虽然在速度上有了一定的提高,然而SURF算法仍然是一个很耗时的过程,尤其在基于图像的三维重建中要
龙眼采后生理及贮藏保鲜潘一山（福建省漳州市农业科学研究所３６３０００）果树科学１９９６，（１）．－１９～２２１９９２～１９９３年用１５年生福眼品种为试材，将成熟度九成以上的果实的用３０±２℃常温贮藏，３～４℃冷藏贮藏和—１８℃低温速冻贮藏３种方式进行
大数据时代的一个显著特点就是网络上的图像文件数量呈爆发式地增长,海量的图像文件给存储带来了极大的挑战.既要保证数海量图像文件的存储效率,又要保证管理和检索这些图像
目的:分析在儿童口腔治疗中采用微创美容技术的价值.方法:分析对象选择于2018.1~2019.1期间我院收治的78例龋齿患儿,随机数字法进行分组分析,39例实施微创美容技术的患儿归为
本文设计并实现了基于统一计算架构(CUDA)的并行求解混合整数非线性规划模型的框架以及计算任务的分配调度算法.针对不同的计算任务调度算法设计并实现了相应的并行筛选最优