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以新疆15个地区(州、市)和86个县(市)为研究对象,基于各地区2000-2012年物流产业发展统计数据,采用Theil熵指数和RGi指数对新疆物流发展的区域差异进行分析,发现新疆区域物流发展总体不均衡,北疆各地区之间差异较大,2009年后差异越来越大,南疆各地区物流产业增速快于北疆,喀什地区增速最快.利用Moran指数对新疆区域物流发展进行空间自相关分析,发现新疆物流产业存在一定空间集聚性和空间相关性,主要聚集在北疆天山北坡经济带,以及南疆的喀什、和田和克州三个地区,但总体聚集效应在逐步减弱.通过Moran散点图分析,发现新疆区域物流发展空间的溢出效应较小,高值地区对低值地区的带动作用尚不明显,各地区之间物流产业空间联系仍处于自发状态.新疆各地区之间应加强物流产业的协调与合作,逐步建立并形成中国联结中亚、西亚和南亚的国际物流网络体系.