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动物数量性状基因座(QTL)分析中存在着很多问题:一是一个QTL中可能有多个SNP位点;二是多个QTL可能同时影响一个性状;三是因为一个性状可能涉及众多QTL且易受环境影响而使一个基因效应较小、难以检测;四是QTL在被用于辅助选择时缺乏可操作性,尤其是在存在多个QTL、每个QTL又有许多SNP位点时.单倍体型(haplotype)是位于一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP位点,单倍体型标签SNP(htSNP)是在一条染色体上或某一区域内对单倍体型具有代表性的少数几个SNP.目前在人类基因组研究中,单倍体型分析已被有效地运用到SNP位点与复杂疾病间的关联分析中.鉴于其有效性,这种方法其实也可运用到动物数量性状QTL的研究中并有效地解决上述问题.