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连作障碍已成为威胁我国胡椒优势种植区可持续发展的重要障碍因子之一，为了探明连作障碍形成的微生物机制，本研究以海南不同种植年限胡椒园土壤为研究对象，采用Biolog微平板法研究了不同年限土壤微生物群落功能多样性和群落结构变化，并分析了二者与连作障碍形成的相互关系。结果表明，随着种植年限增加，胡椒园土壤微生物群落功能多样性逐步下降；微生物群落结构随着年限增加出现了2次明显变化，第1次群落结构变化出现在18年前后，主要与酚酸类和多聚物类碳源利用微生物大幅减少有关，第2次则出现在28年前后，与碳水化合物类、氨基酸类、羧酸类和胺类相关利用微生物减少有关。这2次群落结构可能导致了土壤中化感物质或病原菌逐步累积，最终造成土壤连作障碍随着种植年限逐步凸显，但具体途径仍需进一步探明。