论文部分内容阅读
分子对接是计算机辅助药物分子设计(CAMD)中的一种重要方法，是大规模数据库筛选的理想途径。本文首先对分子对接理论进行了介绍，然后基于柔性配体分子与刚性受体分子的对接过程，建立一个数学规划模型，将分子对接中的构像搜索转化为求解约束极小化问题的过程，并采用带有空间收缩的小种群并行遗传算法进行求解。在分布式存储的并行机曙光3000上模拟计算表明,该设计具有很高的并行加速比,在保证分子对接的准确性和有效性的前提下,大大提高了分子构像搜索的速度。