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本文对生物工程菌治理流动河道黑臭水方法进行了探讨。云南省昆明市西山区新运粮河属于典型的黑臭河道，日均水量达到2万吨。采用生物带处理系统+高效工程菌方式，使河道下流水质达到国家综合排放一级A标准(总氮、COD)，透明度最佳时达到1.5米。在遭受洪水冲击后，河道处理系统的恢复能力也明显增强。工程菌在投加后对磷的去除也有一定效果，有待结合生态方法进一步探索。