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CO分子修饰的非接触式原子力显微镜能够分辨共轭分子的分子结构，分子间的氢键，以及原子键的键级。相对于该实验技术的快速发展，其理论模拟一直还处于起步阶段。在本研究中，我们采用高精度的计算工具，较准确的计算扫描过程中针尖的受力情况，分析扫描过程中在AFM金属针尖上倾斜的CO针尖受力情况，得到实验中与成像相关的数据(金属针尖坐标和受力的垂直分量)。从而得到多数情况下和实验图像拟合得非常好的模拟图像。我们的结果显示，虽然共轭分子有非常弥散电荷密度分布，扫描过程中CO的倾斜却有利于AFM得到非常锐利的原子或原子键图像。但CO在AFM金属针尖的倾斜与AFM图像中原子键长和实验值的巨大差异没有太大关系。样品分子电荷密度的极大值导制更大的Pauli排斥，引起在AFM图像中的极亮成像与实际的原子位置不同，造成了虚假的键长成像。