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本文用分子动力学(MD)模拟结合自适应偏置力方法考察了胆固醇与β-CD,2-羟丙基-β-CD以及2,6-二甲基β-CD(DM-β-CD)包结过程中自由能沿某一指定反应路径的变化.在主客体相互作用区间内积分平均力势得到主客体包结的结合常数及相应的结合自由能.研究结果表明,三种环糊精对胆固醇结合能力的次序为:DM-β-CD＞HP-β-CD＞β-CD.与实验测定的结果一致.把PMF分解为各自由能组分能够帮助我们理解胆固醇是如何被包结进入环糊精空腔的.另外,用额外的MD模拟研究了自由能稳态点处的包结结构,通过对MD运动轨迹的全面分析考察了此处包结结构的稳定性.