甲基睾酮诱导斜带石斑鱼性逆转过程性腺全基因组甲基化研究

来源 :第五届“全国石斑鱼类繁育与养殖产业化”论坛 | 被引量 : 0次 | 上传用户:huangfei1117
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  性逆转是脊椎动物一种独特的生殖方式,其调控机理一直是生殖学研究的热点,至今仍未清楚.近年来研究显示:表观遗传调控,尤其是甲基化的调控可能是调控动物性逆转的重要机制.斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)属于雌雄同体,雌性先熟鱼类,在其生活史中存在雌转雄的性逆转过程.本研究通过对甲基睾酮诱导斜带石斑鱼性逆转过程中的雌性、兼性、雄性三个时期的性腺组织展开了甲基化测序及数据分析工作,并利用第二代测序技术对生殖相关基因在性逆转过程中的表达量进行检测.共得到1136,035,002条高质量的序列信息,共102.2G的数据量.在允许两碱基错配基础上有,每个样本有88%以上的数据可以比对到斜带石斑鱼参照基因组上,全基因组平均测序覆盖深度接近30×.发现:在斜带石斑鱼中,C碱基甲基化平均水平为8.393%,存CG、CHH和CHG三种甲基化类型C碱基,其中甲基化CG所占比例最大,高达95%.在斜带石斑鱼性逆转过程中,CG、CHG与CHH甲基化水平都呈上升趋势.比较了不同功能元件区域甲基化分布情况以及非CG(CHH和CHG)核苷酸偏好性.发现CG甲基化水平在编码区域比在上游区域高出两倍多,而非CG(CHH和CHG)甲基化水平在不同区域分布比较平均.在斜带石斑鱼性逆转过程中,CG甲基化水平呈上升趋势,且编码区域上升的趋势要比上游区域上升的趋势明显.非CG甲基化水平在不同功能元件区域都呈上升趋势,且由兼性转变为雄性阶段,非CG甲基化水平显著上升.并且比较了非CG核苷酸上游3碱基和下游4碱基附近的偏好性,发现其上下游无偏好性.初步分析了在甲基睾酮诱导斜带石斑鱼性逆转过程中9个生殖相关基因(DMRT1、EMX2、GATA4、GATA6、SF1、SOX9b、CBX2、MP3K4、DMRT2)甲基化变化与基因表达量的关系,结果表明:在甲基睾酮诱导斜带石斑鱼性逆转过程中DMRT1、SF1、GATA6、SOX9b、EMX2基因表达量上升了,前四个基因表达量变化与上游区域甲基化水平下降有一定联系,EMX2基因表达量变化与基因大部分编码区域甲基化水平下降有一定联系.MAP3K4、DMRT2基因表达量下降了,前者表达量变化与基因整体水平甲基化上调有关,后者与基因大部分编码区域甲基化水平上升有一定联系.GATA4基因表达量的变化与甲基化水平变化无关.CBX2基因表达量先下降后上升,与上游区域甲基化变化有一定联系.由以上的研究成果推测DNA甲基化在甲基睾酮诱导的斜带石斑鱼性逆转过程中通过控制基因的表达量来发挥重要作用.但是DNA甲基化在性别分化、性别决定和性逆转中的精确作用还有待进一步研究.
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