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本研究共从来自上海地区活禽批发市场、集贸市场和种禽场临床健康鸡群中分离、鉴定H9N2禽流感病毒株404株。活禽批发市场分离率为4.56％(248/5442)；集贸市场为3.03%(155/5118)；种禽场为0.01%(1/9624)。不同年份的分离率分别为：2006年2.80%，2007年2.46%, 2008年1.33%, 2009年2.63%,2010年1.42%。将2006年到2010年连续五年每个月份的分离率加在一起，分离率最高的月份为9月(秋季)，其次为1月(冬季)和10月(秋季)。对不同禽群中H9N2亚型禽流感病毒分布情况进行了调查：2006年-2010年禽流感普查结果表明鸡群中共分离到402株H9N2亚型禽流感病毒,分离率为2.62%；鸭群中共分离到2株H9N2亚型禽流感病毒，分离率为0.062%；鸽群中未分离到H9N2亚型禽流感病毒；其它珍禽(包括孔雀，鹤鹑等)中均未分离到H9N2亚型禽流感病毒。2006年至2010年对上海地区野鸟进行H9N2亚型禽流感病毒分离，共采集9807份样品，均未分离到H9N2亚型禽流感病毒。本研究中我们还对2002年分离的1株，2006年2株，2007年2株以及2008年的2株H9N2病毒进行了全基因测序；对2007年的5株以及2008年的6株H9N2病毒进行了5个基因片段(HA, NA, NP, PB1和PB2)的测序，并进行了基因进化分析。HA基因进化分析表明，18株病毒均属于Ck/Bei/1/94亚群；HA基因裂解位点处的氨基酸序列为-RSSR/GL-，无多个碱性氨基酸插入，具有典型的低致病性禽流感病毒HA基因特征；HA基因的受体结合位点没有表现出很大的差异；2002年的1株分离株和2006年的1株分离株HA基因226位点为Gln,而从06年及以后分离到的H9N2病毒的HA基因226位点为Leu,所以从一定程度上表明了上海地区分离的H9N2禽流感毒株逐渐表现出感染哺乳动物的倾向性；NA基因进化分析表明，18株病毒均属于Ck/Bei/1/94亚群；此外所有毒株的内部基因片段中均含有H5片段，表明上海地区鸡群中H9N2禽流感病毒己产生了基因重组；不同时期分离的毒株基因片段组成发生了变化，而且主要发生在PB2基因由Ck/Bei/1/94系转变成Qa/HK/G1/97系。上海地区分离的这18个毒株均属于Ck/Bei/1/94系，与目前在上海使用的疫苗株Ck/SD/6/96同属于一个谱系，现有疫苗的免疫保护效果依赖于和分离毒株之间的抗原交义保护性，本研究中基因进化关系的研究为疫苗种了毒株的选择提供了技术储备，所以在今后的工作中持续监测H9N2亚型禽流感病毒是非常必要的。