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农业面源污染的全流程防治包括源头减量、迁移过程截留及末端净化三阶段。本文通过分析以往的农业面源污染常用技术的优势和不足，提出了将菌根技术用于农业面源污染全流程防治的新思想。在农业面源污染的全流程防治中，源头减量是利用菌根促进植物的营养吸收和提高植物的抗逆性特征，开发“生物肥料”和“生物农药”，减少化肥和农药的使用量，从源头上减少农业面源污染的来源。迁移过程截留是指将菌根技术应用到受损土壤的改良和受污土壤的修复中，降低地表径流，在污染物的迁移过程中进行截留.而末端净化指的是在湿地净化系统中引入菌根真菌来改善湿地植物的生长状况、养分吸收、抗干湿交替能力、抗污染能力、抗病害能力等，强化其对污染物质过滤净化作用。