【摘 要】
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目的：激光诱导脉络膜新生血管(CNV)的小鼠模型是研究年龄相关性黄斑变性的重要工具之一,但该模型中视网膜的早期分子改变尚未明确.我们用RNA测序(RNA-seq)的方法对研究了
【机 构】
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汕头大学·香港中文大学联合汕头国际眼科中心
【出 处】
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遗传学与表观遗传学前沿暨第三届中国青年遗传学家论坛
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目的：激光诱导脉络膜新生血管(CNV)的小鼠模型是研究年龄相关性黄斑变性的重要工具之一,但该模型中视网膜的早期分子改变尚未明确.我们用RNA测序(RNA-seq)的方法对研究了该CNV模型小鼠中视网膜的转录组及表观遗传学改变.方法：对三只成年C57B/L6小鼠的右眼(OD)进行激光诱导CNV.在处理眼出现明显CNV之前(处理后第三天)处死小鼠并取其处理眼(OD)和非处理眼(OS)的视网膜,并用TRIzol和酚氯法提取总RNA.在Illumina HiSeq 2000平台上对6个样本所建的cDNA文库按每个样本2000万条100bp配对末端读数进行测序.所得读数用Bowtie2.0.7版本比对到小鼠的全基因组序列(UCSC版本mm9)上,剪接接头用TopHat 2.0.8版本进行识别.RNA-Seq数据的定量和基因差异表达分析R语言包enomicFeatures、Rsamtools和EdgeR完成.基因语言学(GO)和KEGG通路分析用DAVID生物信息学资源6.7版本进行分析.结果：与非处理眼相比我们一共检测到CNV处理眼视网膜中1509个基因表达上调和302个基因表达下调(假发现率FDR＜ 0.05).在这些差异性表达的基因当中,有47个为非编码RNA基因,包括了10个microRNA基因和21个长非编码RNA基因.microRNA表达上调最为显著的mir223,在新生血管调控中可能起重要作用.GO分析预测的基因功能分类表明,CNV眼视网膜中差异性表达的基因主要参与免疫应答、凋亡及脉管系统发育等生物学过程.讨论：本研究中RNA-Seq分析揭示了CNV小鼠中视网膜的转录组的显著动态改变.转录组数据显示CNV小鼠眼视网膜中存在明显的表观遗传改变.视网膜的这种变化可能在新生血管的信号转导中起重要作用.本研究因此为理解小鼠激光诱导脉络膜新生血管的分子机制提供了新的视角.
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