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在加快教育治理体系和治理能力现代化的进程中，大学治理是一个中心问题。潘懋元教授改革开放以来坚持在高等教育管理实践基础上探索大学治理问题，形成了丰富的理论成果。潘懋元教授大学治理思想的理论基础是其首倡的“教育内外部关系规律”理论，在教育外部关系规律中，注重社会主义市场经济、新技术革命、可持续发展、知识经济以及社会主义民主法治建设等外部环境对大学治理的影响与制约；在教育内部关系规律中，重视高等教育地方化、高等教育民营化、高等教育大众化、高等教育特色化等高等教育自身发展规律对大学治理提出的新要求。潘懋元教授大学治理思想的基本内容主要包括我国高等教育办学模式的现实症结、现代大学治理结构的权力分析、现代大学制度建设的历史使命、西方传统大学理念的借鉴吸收、高等学校二元权力结构的科学阐释、大学自治行政科层的兼容协调、民办高校治理方式的内外困境、高等教育改革发展的学术本位、高等教育区域推进的体制创新、大学办学自主权落实中的产权明晰等主要方面。潘懋元教授研究大学治理思想的主要方法主要是基于多学科的观点与方法，高等教育管理理论及其方法，高等教育领域的渐进式改革方法等。潘懋元教授大学治理思想坚持现代共同治理的价值导向，以高等学校办学自主权的落实以及大学内部学术权力与行政权力的合理划分为基础，以教授治学与大学治理这一现代大学制度建设的核心问题为中心，已经并将继续指导中国特色现代大学制度建设与大学治理的实践发展。