【摘 要】
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正确预测HIV-1蛋白酶-配体亲和性可为新药研发指明实验方向，具有重大意义.本文提出了一种新的特征表达方法以进行蛋白质-配体复合物亲和性的预测.170个带有亲和值的HIV-1
【机 构】
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四川大学化学学院,成都,610064
【出 处】
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第十二届全国计算(机)化学学术会议
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正确预测HIV-1蛋白酶-配体亲和性可为新药研发指明实验方向，具有重大意义.本文提出了一种新的特征表达方法以进行蛋白质-配体复合物亲和性的预测.170个带有亲和值的HIV-1蛋白酶-配体复合物数据全部来自PDBbind数据库，每个复合物都由4部分特征组成：蛋白质序列特征、配体结构特征、结合口袋特征与分子间相互作用特征.特征经过去冗余后进行主成分分析，筛选出与亲和力最相关的特征用随机森林进行建模.模型训练集与测试集的相关系数分别是0.974与0.783(图1所示)，与文献中单一特征表示的方法相比结果有了很大提升(见表1).
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