烟草橙蛋白基因的克隆与生物信息学分析

• 作 者: 雷波[1]卢坤[2]丁福章[1]刘小容[2]胡重怡[2]潘文杰;
• 机 构: 西南大学农学与生物科技学院，重庆市北碚区天生路2号 400715
• 出 处: 中国烟草学会2012年学术年会
• 发表日期: 2012年期

　　项目组前期的烟叶基因芯片检测结果表明，类胡萝卜素合成途径的橙蛋白(Orangeprotrin，OR)基因在中间香型与清香型烟叶中呈显著差异表达。
　　为了获得烟草OR(NtOR)基因的全长序列和进一步揭示其在烟叶特色形成中的作用，采用同源克隆法从烟草品种K326中克隆了NtOR的全长cDNA和基因组DNA序列，GenBank登录号为JN379458和JN375578。生物信息学分析表明，NtOR基因组DNA全长5027 bp，cDNA为1188bp，编码317个氨基酸残基。
　　NtOR蛋白具有2个跨膜域、1个信号肽剪切位点、5个糖基化位点和11个磷酸激酶修饰位点，二级结构包含12个α-螺旋和20个β-折叠，亚细胞定位于质膜上。系统进化与BLAST分析表明NTOR是S1OR和ViOR的垂直同源基因。GENEVESTIGATOR数据库的芯片结果显示，NtOR基因在子叶中的表达量最高，其次是成熟叶片，幼茎和花，其他组织器官的表达相对较弱。