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放线菌物种和基因的多样性决定了其代谢产物的多样性，而系统学提供了认识生物多样性及其相互关系的谱系图。近年来，通过选择性分离手段从不同生境中获得了大量放线菌，并对其进行了系统学分析和代谢潜力评估。针对分类最为混乱的链霉菌建立了基于5个保守蛋白基因的多位点序列分析(MLSA)方法，该方法具分辨率高、可靠性好和横向可比等优点，兼顾了系统学的基础性和实用性。此外，将次级代谢修饰酶基因筛选的策略应用于放线菌生物合成潜力的评估，研究了FADH：依赖的卤化酶基因(hal)和环氧化酶基因(epo)在不同科属和不同生境放线菌类群中的分布，发现这些基因在放线菌中同时存在着横向转移和垂直遗传，但修饰酶序列与次级代谢产物结构之间具有明显的相关性。研究成果对放线菌资源的发掘利用具有指导意义。